Não é realmente ambíguo. Quando você define uma zona, a string entre as aspas é a zona. Se estiver pegando a string que você forneceu exatamente como está, então um ponto final não é realmente necessário.
O uso do ponto final só entra em uso dentro do arquivo de zona. Ao adicionar automaticamente $ORIGIN
a qualquer entrada no arquivo, ele evita que você tenha que constantemente inserir o nome da zona repetidas vezes. Se você precisar usar um FQDN, como para um CNAME apontando para um domínio externo, basta adicionar o ponto.