A desduplicação de arquivos VHD e VHDX não é suportada. Você não deve deduzir o host do Hyper-V. Dedupe dentro do convidado.
Editar: observe que isso mudou um pouco desde que essa resposta foi originalmente escrita. Em algumas configurações relacionadas à VDI, o desduplemento de VHD / VHDXs é suportado: link