Não há como saber com certeza sem mais informações. Você precisa verificar e ver o que está causando o alto uso da CPU, e não perguntar. O comando top
provavelmente será um bom começo. Precisamos que você colete algumas informações e nos mostre seu script muito possivelmente se precisar de ajuda.
Caso contrário, é apenas um palpite e meu palpite é: sim, o acesso direto a arquivos tem menor probabilidade de afetar o desempenho do servidor. Mas seu script e configuração da web podem estar bem. Não há como saber. O problema pode ser algo completamente diferente.