Isso é fácil com o Powershell:
Get-ADUser -filter {enabled -eq $false} -properties memberof | where { ($_.memberof | measure).count -gt 1} | select samaccountname,name
Na primeira parte, você obtém todos os usuários que estão desabilitados e obtém a propriedade memberof (não incluída por padrão). A segunda parte, você measure a propriedade memberof , então obtenha o count e verifique se é gt (Maior que) 1.