Eu experimentei quase o mesmo cenário (a principal diferença é que eu não uso o Chrome, mas o Firefox, onde experimentei fenômenos semelhantes). O que resolveu o problema para mim foi remover o ~ / .config / gtk-3.0 . (Para fazer um backup e removê-lo, execute mv ~/.config/gtk-3.0{,.bak}
.)
A propósito, o indicador com o ícone de não entrar é o seletor da fonte de entrada. Depois de resolver o problema, ele deve mostrar "En" em vez do ícone "não inserir". Em qualquer caso, parece que você não precisa (como você não tem outras opções além do inglês para selecionar), então você pode simplesmente removê-lo das configurações de entrada de texto (desabilite "Mostrar fonte de entrada atual na barra de menu") ).
Quanto às "skins" estranhas no login, elas são definidas em / usr / share / xsessions - você pode remover os arquivos correspondentes às opções que você não quer mais deste diretório.