Infelizmente, não posso dar uma resposta para o seu problema, mas posso dar algumas dicas para tentar entender o que está acontecendo.
Quando você atualizou seu sistema todos os aplicativos instalados com apt-get / Software Center também tiveram que ser atualizados, e quando um pacote é atualizado, ele substitui a versão anterior, então eu realmente não sei como você pode ter duas versões de Update Manager .
Se qualquer um desses aplicativos for instalado manualmente, você poderá ter duas versões (aquela que você instalou manualmente e uma gerenciada pelo sistema). Neste caso, basta remover um e usar o outro.
Com relação aos lançadores duplicados: eles são armazenados em /usr/share/applications (todo o sistema) e ~/.local/share/applications (visível apenas para o usuário). Você pode verificar esses dois locais e ver se não há lançadores duplicados.
Se você tiver problemas para identificar qual o lançador pertence a cada aplicativo, você pode iniciar cada item duplicado e executar o seguinte comando em um terminal:
$ xprop | grep DESKTOP_FILE
Seu cursor mudará para uma cruz. Em seguida, clique na janela desse aplicativo. Você pode obter (nem todos os aplicativos fornecem essas informações) uma saída semelhante à seguinte:
$ xprop | grep DESKTOP_FILE
_NET_WM_DESKTOP_FILE(STRING) = "/usr/share/applications/gnome-terminal.desktop"
No meu caso, cliquei na janela do terminal. Você clicaria nas duas versões lançadas e, esperamos, obteria dois caminhos diferentes lá.