Isso não é nada errado com o modo como o Ubuntu particionou o pendrive, é uma limitação do Windows poder ver apenas a primeira partição no pen drive!
Normalmente, você não pode criar partições em discos removíveis (em outros palavras, drives USB).
Você não poderá realizar o mesmo usando o sistema operacional Windows.
No entanto, alguns softwares de terceiros podem virar o bit removível em um Unidade USB para que o sistema operacional Windows lê como um fixo dirigir.
Nota: o uso de software de terceiros, incluindo drivers de hardware, pode causar sérios problemas que podem impedir o seu computador de inicializar corretamente. A Microsoft não pode garantir que quaisquer problemas resultantes do uso de Software de terceiros pode ser resolvido. O uso de software de terceiros está em seu próprio risco.