Basta adicioná-lo ao server_name
server_name jira.firstdomain.com jira.seconddomain.com;
Claro, isso é verdade, desde que você queira apontar para a mesma instância do JIRA.
Você pode remover com segurança proxyName="jira.firstdomain.com"
do conector e ele funcionará, contanto que você tenha proxy_set_header Host $host;
.
Você também pode remover proxy_set_header X-Forwarded-Host $host;
e proxy_set_header X-Forwarded-Server $host;
do nginx também.
Para o SSL, você precisa de um certificado com nomes alternativos, ou precisa criar vários blocos de servidor.