Você está trabalhando demais. Tente usar o VirtualDocumentRoot
com uma variável. %1
usará a primeira parte do domínio ou %-3
usará o terceiro para a última parte (ambos representam o mesmo para o seu caso). Você precisará ativar o módulo mod_vhost_alias
para que isso funcione.
<VirtualHost *:80>
VirtualDocumentRoot /var/www/%1
ServerName www.domain.com
ServerAlias *.domain.com
</VirtualHost>