Use o Log Parser para analisar os logs. Descubra qual página está demorando mais, somente usuários externos solicitam essa página? Descubra quantos acessos você está recebendo, é isso que você espera?
Use o perfmon ou algum software de monitoramento para monitorar o uso da CPU, da memória, da largura de banda e do disco. Veja se você está atingindo a capacidade em algum lugar.