Esse comportamento é causado por um bug appmenu-qt5 notório. O relatório de erros é aqui . Ele define uma variável de ambiente para aplicativos qt e isso faz com que muitos itens de menu de aplicativos sejam problemáticos no Unity. VLC é um deles.
A variável de ambiente é QT_QPA_PLATFORMTHEME e está definida no arquivo /etc/profile.d/appmenu-qt5.sh .
Solução alternativa
Para contornar este bug, você pode desconfigurar essa variável e iniciar o VLC. Do terminal você pode usar este comando para iniciar o VLC sem este bug.
env QT_QPA_PLATFORMTHEME='' vlc
Como uma correção permanente, primeiro copie o arquivo vlc.desktop para ~/.local/share/applicatons/
cp /usr/share/applications/vlc.desktop ~/.local/share/applications/
e edite a linha que começa com EXEC até a linha abaixo
Exec=env QT_QPA_PLATFORMTHEME='' /usr/bin/vlc --started-from-file %U
Salve o arquivo. Agora, se você iniciar o VLC, o atalho funcionará do início.
Atualizar
Como relatado por Jonathan Y , parece desanimá-lo Variável de ambiente UBUNTU_MENUPROXY funciona também! Assim, você pode usar a configuração dessa variável no arquivo .desktop .
Exec=env UBUNTU_MENUPROXY='' /usr/bin/vlc --started-from-file %U