Eu uso o asp.net mvc, não sei se você faz.
Eu iria simplesmente ler qual é o domínio de entrada e, dependendo de qual domínio, renderizar a visualização apropriada configurada em ângulo. Parece mais fácil do que mexer com web.config
e reescrita de URL. Obviamente, você serviria os arquivos js apropriados com base no aplicativo view / angular que está renderizando.
A lógica no servidor seria mínima. No IIS, você simplesmente apontaria os dois domínios para a mesma pasta asp.net. Esta solução envolve basicamente a criação de dois SPAs dentro do contexto de um site asp.net.
Eu ficaria feliz em postar o código para fazer isso se você estiver interessado.