Para flash drives, "eject" e "remove com segurança" sempre foram sinônimos.
As opções de "ejetar" e "remover com segurança" só têm um efeito diferente nas unidades com um mecanismo de ejeção mecânica, como unidades de CD ou DVD conectadas via USB.
O motivo pelo qual ambas as opções apareceram na versão anterior foi uma limitação técnica. Se bem entendi, é que a maioria das unidades flash USB "fingem" ter um mecanismo de ejeção mesmo quando não o fazem, e não faz nada.
O Ubuntu agora simplificou as duas opções para um, pelo menos para unidades flash USB. Parece que eles encontraram uma solução para os problemas mencionados em este bug .