Faça um ls -al / , você verá que os diretórios ainda estão lá. A menos que você tenha configurado a instalação para mover esses pontos de montagem para separar os pontos de montagem, eles ainda deverão estar na partição principal.
Você pode comparar /etc/fstab fdisk -l e df -h para ver os pontos de montagem e seus discos lógicos. As configurações típicas de convidados VMware só têm uma unidade em que os servidores físicos terão vários.