Seguindo as instruções em esta resposta , encontre os botões que devem ser trocados. Se 11 e 3 precisarem ser trocados, você os alterna na sequência assim:
input set-button-map id# 1 2 11 4 5 6 7 8 9 10 3 12
Se isso funcionar, você precisa executá-lo automaticamente. Como explicado em esta questão , você pode adicionar o comando ao final de ~/.profile
(em seu diretório pessoal) para que seja executado quando você efetuar login.