Quando eu corri o Ubuntu e Kali em um dual boot, eu tirei cerca de 60 shows (você pode querer mais ou menos que isso, não vá abaixo de 20) do meu disco rígido em seu próprio espaço livre, então eu acabou de instalar no espaço livre e eu nunca tive um problema com isso.
O Ubuntu tem uma opção para instalar junto com o Windows que deve funcionar.
Tente formatar o USB e tente novamente usando o UNETbootin.
Selecione instalar junto com o Windows primeiro, se isso não funcionar, escolha "outra coisa" e tire um pequeno pedaço do disco rígido para ter espaço livre.
Depois de reler o post, estou pensando que talvez seu download do Ubuntu tenha sido corrompido?
Faça o download aqui, se for esse o caso. link
Em seguida, grave o ISO em um dvd na velocidade mais lenta possível ou use o UNETbootin também é mais seguro. Eu também ouço que o torrent é mais seguro do que o download direto, então você pode tentar isso.
Espero que você trabalhe.