No que diz respeito à "situação das cores de destaque, a maneira simples parece ser instalar o dconf-editor (que eu uso, não apenas para mudar as cores, normalmente)
sudo apt-get install dconf-tools
Depois é só procurar o dconf-tools no launcher
Fonte: Como eu mudo a cor "Selected Items"?
Se você quiser mudar o plano de fundo do próprio lançador, parece que você está indo para um território mais profundo, mas isso:
mostra como fazer isso com apenas alguns comandos do terminal e duas linhas de código, além de alguns hackers para descobrir qual cor você gosta. Pessoalmente, eu usaria códigos de cores HTML, porque você pode procurar algumas tabelas interessantes como esta:
e meio que combina com o que você gosta.