Se você quiser aproveitar totalmente os recursos do OpsWorks, então sim, conforme declarou, divida os aplicativos em duas pilhas.
Alt opção 1: Você poderia criar uma pilha personalizada se realmente quisesse manter-se na mesma pilha, mas teria que lidar sozinha com o que é feito para você pela camada node.js (isso pode ser feito e com sucesso, mas você pode precisar investir em receitas / receitas de chef personalizadas.
Alt opção 2: sua declaração sobre como gerenciá-los por meio do EC2 manualmente está correta, mas gostaria de acrescentar que você tenta aproveitar várias sub-redes / AZs para facilitar isso em si mesmo. Então:
LBR 1 (App1) AZ1 (us-east-1a) AZ2 (us-east-1c)
LBR 2 (App2) AZ3 (us-east-1d) AZ4 (us-east-1e)
Proporcionaria uma estrutura tolerante a HA / Fault, permitindo que você equilibrasse a capacidade de configurar sub-redes contra LBRs, mas ainda assim aproveitar os benefícios do OpsWorks.