Se você deve evitar o uso do .htaccess, outra diretiva que você poderia tentar se você está tendo problemas com o mod_rewrite é usar a diretiva ErrorDocument como a seguinte:
ErrorDocument 404 /index.php
Se você seguir essa rota, você pode precisar ajustar um pouco o código do aplicativo - como no topo do arquivo index.php, você pode precisar configurar $ _SERVER ['PATH_INFO'] para $ _SERVER ['REQUEST_URI'] . Compare o conteúdo $ _SERVER entre o dev e a produção para ter uma ideia melhor, se isso não acontecer.
Se você puder editar o arquivo conf como observou, e se não for um problema de política / segurança usar o .htaccess, você poderá sempre habilitar o .htaccess para o site usando a diretiva AllowOverride no arquivo conf.