De acordo com o Artigo MS que você faz referência, o SQL usa as restrições de criptografia do sistema operacional (via SCHANNEL), portanto, se você o habilitou no nível do sistema operacional, também o aplicou no nível de banco de dados.
Apenas para provar isso, se você desativar o SSL3 e o TLS 1.0 (para SCHANNEL) em um servidor que executa o SQL 2008 R2 e reinicializar, o SQL não será iniciado.