Se você quer uma experiência pura do Gnome, então o Ubuntu Gnome é melhor.
Se você instalar o Gnome Shell com o Ubuntu regular, você terá apenas uma escolha entre o Unity e o Gnome. Você vai acabar com alguns pacotes Unity que você realmente não precisa. Você também terminará com o GDM e o LightDM. Isso não deve ser um problema, mas menos complexidade significa que menos coisas podem dar errado posteriormente.