Você está fazendo errado. Se você usa a CA do Windows para emitir certificados, somente a autoridade de certificação do Windows deve assinar certificados com esse certificado de autoridade de certificação e par de chaves específicos. Você está comprometendo sua PKI usando bibliotecas openssl e de terceiros para assinar certificados de cliente com o certificado de CA do Windows. Por violar o requisito RFC5280 §4.1.2.2 : a CA deve manter o registro dos certificados emitidos e aplicar algumas restrições. Por exemplo, unicidade do número de série.
Também pode levar a uma incoistência de políticas e, obviamente, a incapacidade de fornecer meios de revogação para certificados assinados pela openssl.
Não importa qual ferramenta você usa para gerar e assinar solicitações, mas apenas um aplicativo deve usar determinado certificado CA para assinar outros certificados, armazená-los em um banco de dados e assinar CRLs. Pode haver soluções alternativas, mas nenhuma será suportada.
Se seus usuários residem no Active Directory, você deve utilizar o autenrollment de certificado funcionalidade para automatizar tarefas de emissão de certificados.