Finalmente, a solução que encontrei é dizer ao Emacs para usar aspell em vez de ispell . Este é um corretor ortográfico que funciona da mesma forma que ispell . Isso pode ser feito adicionando esta linha no arquivo .emacs :
(setq-default ispell-program-name "aspell")
Para instalar o dicionário italiano eu executei
sudo apt-get install aspell-it
e similarmente para dicionários para outros idiomas. Todos esses dicionários reconhecem corretamente caracteres acentuados e funcionam bem.