Na sua diretiva VirtualHost:
<Directory /home/dir/public_html/www.site.com>
AllowOverride All
Options FollowSymLinks
Require all granted
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} ^/((.*\.php)(/.*)?)$
RewriteCond %2 -f
RewriteRule . fcgi://127.0.0.1:9001/%1 [L,P]
RewriteOptions Inherit
</Directory>
O site é rápido, o drupal funciona, outros arquivos funcionam, variáveis de ambiente são passadas. NÃO USE ProxyPass OU ProxyPassMatch !!!! Não passará variáveis de ambiente e quebrará alguns pacotes de php. Alguns mostraram que você pode usar LocationMatch e Interpolation, mas isso parece funcionar apenas para ajp: // e não fcgi: // !!!
Infelizmente, isso não define o usuário para o que está definido na configuração do pool php-fpm, mas para o usuário e grupo do apache. Essa é outra questão, então eu vou marcar isso resolvido. Eu tenho que mudar as pastas graváveis para o usuário e grupo do apache, o que é uma espécie de segurança se você pensar sobre isso, mas também é non sequitur e tem alguns problemas estranhos.