Eu tive um problema semelhante com a instalação limpa do MongoDB no RHEL 6.3 usando os repositórios fornecidos
mongodb-org.x86_64 3.2.0-1.el6
pós-instalação, serviço iniciado sem erros, mas a CPU estava acima de 100%. Também notei um irq suave e milhões de interruptores de contexto. No meu caso, algo estava errado com a máquina virtual e, após uma reinicialização, o problema foi resolvido. Parece que a saída de strace acima é "normal" para o MongoDB - algum tipo de polling usado?