Uma solução que pensei foi executar um comando 1-2 segundos após a inicialização, a fim de alterar o seu espaço de trabalho atual para o desejado.
Esta resposta aqui explica perfeitamente:
Existe um comando para ir a um espaço de trabalho específico?
Esta resposta explica como executar um comando na inicialização
Como faço para iniciar aplicativos automaticamente no login?
No campo "Comando", você precisará inserir
bash -c 'sleep 3; wmctrl -o X,Y'
onde X, Y as coordenadas que você precisa tirar da primeira resposta que eu postei.