Ok, depois de um tempo eu acho que encontrei a causa do meu problema de fontes Perl-Tk: uma reinstalação do Ubuntu 14.04 mais o Perl-Tk fez o problema desaparecer.
Então, por que apareceu em primeiro lugar?
Uma coisa que provavelmente causou problemas na instalação antiga foi que em um momento eu mudei o nome de usuário e o nome do diretório home (!) usando o bash
command usermod
.
Observando que o CPAN ainda estava aderindo ao diretório home antigo (agora errado) quando eu instalei os pacotes Perl, acho que isso deveria significar problemas em casos imprevisíveis.