Eu suponho que você tenha um erro de digitação e fez
chmod -R ug+rwx /home/johndoe
ou
chmod -R ug+rwx johndoe
dentro de / home, certo?
A diferença entre o Ubuntu e o Fedora é provavelmente a atribuição de usuário / grupo.
Você tentou conceder a todos acesso à casa desse usuário e ao usuário munin (munin?) acesso a esse subdiretório específico?
chmod 0751 /home/johndoe
chown johndoe:munin /home/johndoe/htmlgraphs
chmod 0775 /home/johndoe/htmlgraphs