Não importa de jeito nenhum, já que os pacotes específicos do gnome-shell são os que recebem apenas 3 anos de suporte. O mesmo pode ser dito com qualquer deskop que você instalar, só porque você instala o Ubuntu e instala, por exemplo, o XFCE ao invés do Xubuntu não significa que você terá 5 anos de suporte para os pacotes específicos do XFCE.
Isso também não inclui os principais pacotes do Ubuntu, como o kernel, para o qual você terá atualizações de segurança por 5 anos em qualquer área de trabalho que usar.