Os arquivos que são atendidos pelo Apache (ou seja, solicitados via HTTP) não precisam de permissões executáveis para serem executados, eles só precisam ser legíveis pelo Apache.
O que geralmente faço é definir o grupo para www-data e as permissões para 640 para arquivos e 1750 para diretórios, para que ninguém mais possa lê-las além do servidor da Web.