Para mim, esse problema ocorreu quando eu não estava iniciando o gnome-settings-daemon. Eu estou usando o gerenciador de janelas Awesome e meus scripts de configuração não iniciaram o gnome-settings-daemon. Para mim, apenas executando gnome-settings-daemon &
em um terminal fixo. A melhor solução foi fazer com que meus scripts de inicialização do Awesome WM iniciassem, o que torna isso automático.
Se você estiver usando a configuração padrão do Gnome (ou seja, não usar um gerenciador de janelas separado), essa solução provavelmente não se aplica a você.