Para garantir que você comece de uma configuração impecável; a melhor opção é instalar as imagens de fábrica, as do Nexus 4 (occam / mako) estão aqui:
Extraia o arquivo, insira o diretório extraído e execute o comando ./flash-all.sh .
Depois, você pode seguir o procedimento de instalação do CyanogenMod no guia.
A causa mais provável de ter menos espaço disponível, dado que nenhum reparticionamento aconteceu, é que algo não foi apagado da partição userdata ao se mover.