Como eu sei, a maioria dos aplicativos do Ubuntu estão instalados em /usr
. então, enquanto você cria a partição do HDD 1, defina seu ponto de montagem como /usr
, para que todos os seus aplicativos sejam instalados no HDD1 como você quiser.
Quero dizer, neste passo (Uma imagem de exemplo), configure o ponto de montagem como / usr para o HDD1
espero que ajude.