SFTP é o protocolo SSH File Transfer, você pode usar o rsync para fazer exatamente isso.
com recursão:
rsync -azP --exclude="*" --include="*.pdf" user@SERVER:/path/to/folder/ /path/to/folder/
Sem recursão:
rsync -azP --include '*/' --include '*.pdf' --exclude '*' user@SERVER:/path/to/folder/ /path/to/folder/
Espero que ajude!