Se você disser que apenas a linha de comando oculta elementos "system", isso deve estar relacionado aos comandos que você usa.
aqui, vejo que você usa apenas ll
para exibir a pasta, que na maioria das vezes é um alias.
Você pode ver qual é o comando real chamado digitando type ll
.
Por exemplo, posso ver na minha área de trabalho:
type ll
ll is aliased to 'ls -Al'
Depois do que, você pode tentar também verificar ls
type ls
ls is aliased to 'ls --color=auto'
Para ter certeza de que o "shell" é o que não mostra as pastas, tente usar o caminho completo real dos binários:
/bin/ls -al /var/www/repos/radiocms/
E cole-nos os resultados deste comando
Adrien.