Com base na quantidade de fragmentação que você tem nos seus índices, você deve ir em frente e reconstruí-los. Qualquer índice com mais de 30% de fragmentação deve ser recriado. Eu também me certificaria de atualizar regularmente as estatísticas da tabela (a reconstrução do índice fará isso automaticamente).
Depois de fazer isso, se você estiver ainda vendo uma CPU muito alta e confirmando que é o processo SQLServr.exe, você precisará restringir quais consultas estão usando a CPU e solucioná-los a partir daí.
Você pode executar algo como a consulta a seguir para obter alguns dados agregados sobre as consultas que usam mais CPU:
SELECT TOP 5 total_worker_time/execution_count AS [Avg CPU Time],
total_logical_writes as [Total Writes],
total_logical_reads as [Total Reads],
SUBSTRING(st.text, (qs.statement_start_offset/2)+1,
((CASE qs.statement_end_offset
WHEN -1 THEN DATALENGTH(st.text)
ELSE qs.statement_end_offset
END - qs.statement_start_offset)/2) + 1) AS statement_text
FROM sys.dm_exec_query_stats AS qs
CROSS APPLY sys.dm_exec_sql_text(qs.sql_handle) AS st
ORDER BY total_worker_time/execution_count DESC;
Para dados em tempo real, você também pode executar algo assim:
SELECT er.session_id, er.cpu_time, er.reads, er.writes,
SUBSTRING(st.text, (er.statement_start_offset/2)+1,
((CASE er.statement_end_offset
WHEN -1 THEN DATALENGTH(st.text)
ELSE er.statement_end_offset
END - er.statement_start_offset)/2) + 1) AS statement_text
FROM sys.dm_exec_requests AS er
CROSS APPLY sys.dm_exec_sql_text(er.sql_handle) as st
WHERE session_id > 50
AND status = 'runnable'
ORDER BY cpu_time desc
Você também pode executar ambos para comparar o tempo real para agregar dados. Ambos devem dar uma idéia sobre o que está usando muita CPU. De lá você quer descobrir por que eles estão correndo tanto tempo. Eles estão fazendo uma tonelada de leituras ou uma tonelada de gravações? Se eles estão fazendo uma tonelada de leituras, isso pode significar que eles estão perdendo alguns índices. Toneladas de gravações podem significar que os índices são realmente o problema.
De qualquer forma, ficar de olho nessas declarações pode lhe dar um ponto de partida.