Tente adicionar as rotas mais especificamente. O roteamento preferirá a primeira rota correspondente ordenada por especificidade, métrica e ordem de adição.
Por exemplo, na máquina 1, adicione a seguinte rota:
ip route add 10.0.0.40/32 dev eth1 src 10.0.0.30
E na máquina 2:
ip route add 10.0.0.30/32 dev eth1 src 10.0.0.40
você pode querer excluir as rotas mais gerais para eth1 em ambas as máquinas:
ip route del 10.0.0.0/24 dev eth1
Como estão em / 24s, você deve tentar obtê-los em sub-redes diferentes, por exemplo, se os dois eth1s estiverem em 10.0.1.0/24, você não terá esse problema.