Parece que as aranhas estão sobrecarregando você. Use mysqltuner para verificar sua configuração do mysql.
Configure seu banco de dados para que não use mais de 60% da RAM do sistema.
Com base nas informações atuais que você publicou, diminua:
query_cache_size = (Eu começaria com 64M)
query_cache_limit = (eu começaria com 1M)
wait_timeout = 400 ?! Igual este valor ao seu tempo limite do Apache E pense em um usuário esperando 300 segundos para que você possa atendê-los;) (Eu começaria a transformar o mysql e o apache em 30 segundos).
aumenta o open_files_limit se você tiver muitas tabelas (especialmente myisam) e não se esqueça seu sistema limits.conf
Se a redução de buffers não ajudar, você também pode limitar spiders com iptables:)