eu executaria uma "lista de processos completa" quando a execução fosse lenta, bem como a ativação do log lento.
log-slow-queries = slow.log
long_query_time = 20
log-queries-not-using-indexes
isso é para ter uma ideia de quais consultas estão matando a caixa, já que pode ser uma junção sem situação de indexação.
Além disso, algumas outras otimizações podem estar reduzindo seu buffer pool de innodb, já que sua maioria não é usada
[OK] InnoDB data size / buffer pool: 111.0M/5.0G
aumentando o tamanho do seu buffer de chave:
[OK] Key buffer size / total MyISAM indexes: 525.0M/504.2M
aumentando seu tmp_table_size para que as tabelas tmp não sejam gravadas no disco
tmp_table_size (> 100M)
max_heap_table_size (> 100M)
reduza a alocação do buffer, pois é muito alto e pode pendurar sua caixa sob carga
[!!] Maximum possible memory usage: 1960.1G (12495% of installed RAM)
no download da comunidade mysql, pelo menos o tarball de origem, há exemplos de exemplos my.cnf small / medium / large / huge, e eu provavelmente substituiria alguns dos seus valores de buffer existentes pelo my.cnf "large" (ou "enorme" se seu mysql dedicado). lembre-se de fazer as alterações uma de cada vez e, em seguida, carregar o teste.