No seu server.xml para o Tomcat, você pode configurar o appBase para fazer autoDeploy="true" e unpackWARs="true".
Então, se você implantar um arquivo war, ele criará o diretório e, se você renomear o arquivo war, ele será removido. Isso não é realmente recomendado para uso em produção.
Além disso, se você não quiser fazer rm -rf, apenas mova o arquivo para uma pasta pai e, em seguida, arquive-o ou faça o que quiser.