O Oracle / Sun Java oferece cache interno para seu próprio mecanismo de resolução de nomes (não é específico para o contêiner do servlet Apache Tomcat).
Por enquanto, parece que a solução mais fácil seria reiniciar todo o contêiner da JVM. Posteriormente, se desejar desativar completamente o cache DNS interno, você poderá fazer isso definindo as propriedades do sistema "networkaddress.cache.ttl" e "networkaddress.cache.negative.ttl" como 0 (mais sobre essas propriedades Java pode ser encontrado aqui ).