Parece haver uma resposta simples para essa pergunta. O nome da instância representa, de fato, um "aplicativo" da web e cada aplicativo pode ser rastreado no perfmon separadamente. Se o aplicativo da Web não tiver um local na memória em um determinado momento, o nome da instância não aparecerá no perfmon. Para que isso apareça, basta fazer uma chamada para uma das páginas da web asp.net ou serviços nesse aplicativo. Posteriormente, carregue a janela perfmon add counter e o novo nome da instância estará disponível