Novo WIMP do Windows Server 2008 R2 sendo executado mais lentamente que o Windows Server 2003

Question

Recentemente, atualizamos um servidor WIMP do Windows Server 2003 (32 bits) para o Windows Server 2008 R2 (64 bits).

O novo servidor possui hardware significativamente melhor que o servidor antigo, mas muitos processos demoram muito mais do que o antigo. Temos um processo de aplicativo da Web bastante complexo que normalmente demora cerca de 7 segundos na caixa antiga, mas no novo leva de 11 a 12 segundos. Isso está abaixo dos 15,5 segundos que foram necessários antes de eu desabilitar o IPv6.

Esse processo envolve algumas consultas (algumas delas envolvem transações com talvez três consultas entre o início e o commit) e a criação e envio de alguns PDFs por e-mail.

As atualizações do Windows são atuais com uma máquina mais ou menos nova. Isso acontece de forma consistente mesmo quando quase não temos tráfego no site. Memória e CPU não estão sendo pressionadas.

As únicas diferenças entre os servidores que não são o SO e o hardware:

1. Quando disponível, usamos versões de programas de 64 bits.
2. O novo servidor usa o MySQL 5.5 em vez do MySQL 5.1 (eu executei o programa mysql_upgrade e usamos o InnoDB para o mecanismo)
3. O novo servidor usa o PHP Versão 5.3.18 em vez do PHP Versão 5.3.1
4. Com o novo sistema operacional, veio o IIS7, em vez do IIS6, é claro.

O que poderia estar causando um hardware melhor para rodar muito mais devagar?