É uma boa idéia em teoria, mas você está indo sobre isso fundamentalmente da maneira errada.
Em vez de gastar seu tempo (que é efetivamente dinheiro), invista em um sistema de geração de imagens decente. O Clonezilla pode fazer isso com alguns scripts ou Altiris pode fazê-lo com menos scripts e mais investimento.
Acho que vou seguir a rota de software comercial suportada e lutar por uma vida mais fácil.
É um pouco ingênuo presumir que um vírus não pode infectar os dados da Restauração do Sistema. Ou melhor, embora um vírus atual possa não conseguir, não há como garantir que um vírus futuro não seja. Nesse ponto, você terminará com uma partição de restauração do sistema cheia de vírus.
A única maneira de reparar um PC comprometido é removê-lo de órbita. É realmente a única maneira de ter certeza.