Absolutamente. Tanto o Ubuntu quanto o Fedora podem compartilhar a mesma partição de swap sem problemas.
Quando o computador é iniciado, você tem a opção de inicializar um sistema operacional - o Ubuntu ou o Fedora. Aquele SO que você escolher para inicializar usará a partição swap quando necessário. O outro sistema operacional não pode usar o espaço de troca, pois ainda não foi inicializado.
Para fazer com que o Ubuntu e o Fedora compartilhem uma área de troca, escolha a partição swap existente como o ponto de montagem para a área de troca do Fedora ao instalá-la, em vez de criar uma área de troca inteiramente nova.