MySQL perde conexão com o servidor MySQL local

Question

Estou tentando fazer algumas análises sobre dados armazenados em um banco de dados MySQL maior. Eu tenho 2 tabelas com 130mio e 600'000 entradas respectivamente e quero executar a seguinte consulta:

select
  hashes.hash,
  hashes.hash LIKE 'block%' as block,
  min(timestamp) as min,
  max(timestamp) as max,
  max(timestamp)-min(timestamp) as diff 
from 
  timings left join hashes on (id=timings.hash)
group by
  timings.hash

mas depois de um período de tempo aleatório (variando entre 1 e 18 minutos), recebo o seguinte:

$ time mysql timings -e "<query>" > diff2.tsv 
ERROR 2013 (HY000) at line 1: Lost connection to MySQL server during query

real    7m34.158s
user    0m0.004s
sys 0m0.000s

E não recebo absolutamente nenhuma mensagem no log. Alguma idéia de por que isso pode acontecer?