Usar o cp -R para copiar seus dados com hardlink é remover os hardlinks.
$ du -sh one/ two/
140M one
4.0K two
$ cd one
~/one$ ln file1 file2
~/one$ ls -s
total 285280
142640 file1 142640 file2
$ cd ..
$ du -sh one two
140M one
4.0K two
Neste ponto, ls mostra dois arquivos de 140MB, mas eles estão com hard link, então du reporta apenas 140MB em uso.
$ cp -R ../one/* two/
$ du -sh one two
140M one
279M two
Isso mostra que o cp -R não preserva o status do hardlink.
O (ou pelo menos um) caminho certo para copiar isso é usar o rsync novamente, com o parâmetro -H (ou --hard-links).
rsync -avPH one/ three
sending incremental file list
./
file2
146058808 100% 185.43MB/s 0:00:00 (xfer#1, to-check=0/3)
file1 => file2
sent 146076781 bytes received 47 bytes 292153656.00 bytes/sec
total size is 292117616 speedup is 2.00
$ ls -s three/
total 285272
142636 file1 142636 file2
$ du -sh three
140M three