A resposta a esta pergunta parece ser não. Nos últimos dias, encontrei vários programas do System Dynamics, gratuitos ou abertos, que devem ser executados no Ubuntu, mas nenhum é empacotado no momento; alguns deles são apenas bibliotecas de código. Aqui está a lista:
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DynSim - um pacote Java, aparentemente não documentado.
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MapSim - um mecanismo de simulação para System Dynamics. Fornece uma biblioteca .NET que funciona no Windows e no Mono no Linux, além de uma simples ferramenta GUI. O MapSim usa sua própria linguagem de modelagem descrita em um manual de referência.
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NetLogo - o famoso framework de modelagem baseado em agentes; suporta modelos de dinâmica do sistema como um recurso secundário.
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Ferramentas SD da Sphinx - um projeto dedicado a criar um ambiente comum e acessível para a simulação da dinâmica do sistema. Ele é desenvolvido na plataforma Java 6 e usa a GUI Java Swing.
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SystemDynamics - uma aplicação Java gráfica para modelagem, visualização e execução de modelos de System Dynamics.
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Simile - Um pacote proprietário de software de simulação e modelagem baseada em objeto e similar a Stella, Model Maker, Vensim etc. Uma versão de avaliação gratuita, que limita o tamanho dos modelos salvos, está disponível.