Contanto que o arquivo não seja um symlink ou hardlink, você pode usar sed, tail ou awk. Exemplo abaixo.
$ cat t.txt
12
34
56
78
90
sed
$ sed -e '1,3d' < t.txt
78
90
Você também pode usar o sed in-loco sem um arquivo temporário: sed -i -e 1,3d yourfile
. Isso não vai ecoar nada, apenas modificará o arquivo no local. Se você não precisa canalizar o resultado para outro comando, isso é mais fácil.
final
$ tail -n +4 t.txt
78
90
awk
$ awk 'NR > 3 { print }' < t.txt
78
90