Nas implementações originais do Unix, /usr usado para conter os diretórios home do usuário , por exemplo em vez de /home/user , você teria /usr/user . A intenção original era que o diretório fosse chamado de "usuário" com a conotação "tudo relacionado ao usuário".
Desde então, o papel de /usr diminuiu. Nos atuais sistemas operacionais parecidos com Unix, /usr ainda tende a conter programas e dados de usuários (em oposição a programas e dados de 'sistema'), embora em muitos casos o distinção entre por exemplo /usr/bin e /bin isn ' talvez tão strong como costumava ser.
Talvez a pronúncia "usuário" seja mais compreensível, dado esse histórico. Um backronym algumas pessoas preferem é 'User System Resources', mas 'user' ainda é mais comum.